负责全市地表水和海洋生态环境监管工作。拟订和监督实施相关污染防治规划和水环境功能区划、水功能区划，负责流域水环境保护工作，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。指导、协调和监督全市海洋生态环境保护工作。负责陆源污染物排海、海岸和海洋工程污染物排放、海洋油气勘探开发和废弃物海洋倾倒对海洋污染损害的污染防治工作。负责入河、入海排污口设置管理。